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对于这些地方势力之间的斗争，张居正是洞若观火的，他对于朱载坖说道：“陛下，地方之争，各为地方用情，诚非以此为争端也。”
对于地方之间的这些争执，朝廷本来是应该站在公允的角度去处理，但是现在两淮盐商的种种行为，使得朝廷必须要重视了，通过对主管盐政的中央大员施加影响、从而左右盐业政策的制定，是两淮集团屡试不爽的策略之一。张居正认为这种事情是要极力杜绝的。
张居正对朱载坖说道：“陛下，昔日叶淇之事，能不为戒乎？淇淮安人，盐商皆其亲识。因为淇曰:‘商人赴边纳粮，价少而有远涉之虞;在运司纳银，价多而得易办之利。因而变易盐法，使边储大匮，此皆当年之戒也！”
张居正说的这点确实是值得商榷的事情，对于朝廷来说，两淮盐商的势力过强，绝非好事，以叶淇所谓的改革为例，叶淇在奏疏中说得冠冕堂皇，美其名曰:“上下交利”，但其实质就是为两淮盐商服务。通过叶淇改革，两淮盐商不仅避免了开中纳粮制度下的“远涉之虞”，而且一举取代素有边境优势的山陕盐商，成为大明现在势力最为雄厚的商帮。
同样的事情在淮粤之争中也经常出现，嘉靖三十七年，马森担任江西巡抚的时候，强行推动在江西行淮盐，淮商又曾上言两淮巡盐御史朱炳如，要求将江西袁州、吉安二府定为两淮行盐区。同时被要求收复的，还有河东盐销区的南阳府和陈州。朱炳如对淮商的要求一一满足。两淮盐商善于使用朝廷为他们谋取利益。
朱载坖冷笑一声说道：“这朝廷似乎不是大明的朝廷了，倒像是淮商的朝廷了！”
朱载坖对于这种行为肯定是不能容忍的，这种公然利用朝廷来为乡党谋取利益的行为，将会极大的损害朝廷的威信，同时使得地方和朝廷离心，所以朱载坖坚决不能容忍这种行为，他问道：“叶淇可有赠谥等？”
朱载坖认为，应当警告一下这些商人们了，否则他们不清楚到底谁才是大小王了，张居正也确实不太清楚叶淇的身后事，朱载坖于是遣人去翰林院询问，很快翰林院就回奏朱载坖，叶淇以户部尚书致仕之后，弘治十四年去世，赠太子太保，李东阳为其撰墓志铭。
朱载坖于是下旨道：“叶淇变开中之制，令淮商以银代粟，盐课骤增至百万，悉输之运司，边储由此萧然矣。此遗祸后世之举，岂可赠官？着夺去叶淇一应追赠，追夺出身以来文字，禁毁一应违禁之物。”
朱载坖的这个旨意，对于叶淇的惩处已经是极为严厉了，不仅将一应身后恤典都予以剥夺，甚至追夺出身以来文字，还要禁毁违禁之物，也就是当年按照官员品级为其营造的墓穴、墓志铭等，都要一并予以毁禁，朱载坖这个时候采取这个行动的原因是很简单的，就是为了给两淮盐商们提提醒，让他们明白大明是谁说了算。
除此之外，张居正还提出了一个建议，就是重新厘定朝廷各地方的盐税分配比例，其实在之前的行盐地域争端之中，朝廷大多支持两淮运司，除了两淮盐商在朝廷上下有丰富的人脉之外，也和朝廷的利益有直接的关系，这就是张居正所提到的第二对矛盾，也就是朝廷和地方的利益矛盾。
之所以朝廷在之外的盐区争端中，一向采取支持两淮运司的态度，根本原因是为了维护朝廷的盐税收入，广盐和淮盐的盐区之争，更加深刻的反映了朝廷和与粤赣地方官府之间的矛盾冲突与利益分割。朝廷利益与粤、赣两省地方利益之间的分割，在很大程度上取决于赣南地区淮盐与广盐销售市场的相互消长。
这主要是因为淮、粤两大盐销区不仅在食盐课税上相差悬殊，而且在朝廷财政收入中所占的地位有着明显的差异。作为大明第一大盐区的两淮盐区，其岁办盐引数额位居所有盐区之首，盐税更是远超其盐引比例，这就意味着两淮年均缴纳太仓的余盐银在总数中所占的比重，不仅高居所有盐区之首，而且远远高于其引额的比重。
对于朝廷来说，销售一引淮盐所获得盐课，是远远高于广盐、解盐、灵盐还有其他各盐运司的，也就是说，对于朝廷来说，淮盐所带来的利益是最大的，所以很多时候，为了朝廷的盐课收入，朝廷都会选择支持淮盐，但是地方明显是倾向于本地或者相邻的盐运司的。
还是以淮粤之争为例，广盐约占全国盐引总数的二十分之一，但是其向朝廷上缴的盐课仅仅只有一万一千余元，还不到朝廷盐课总收入百分之一，广东盐销区年均上缴太仓的盐课银在总数中所占的比重，明显低于其引额的比重。两淮与广东食盐课税在朝廷财政中所占的比重相差如此悬殊，除了与食盐产销量有关之外，还在于二者上交朝廷的盐课数额占其盐课总额比例的差异。
两淮运司的盐课所得全部解纳太仓，而广东运司的盐课收入则有相当一部分留作本省之用。广盐入销赣南地区以后，南安、赣州二府盐税收入中除去交纳太仓的部分，其余也归广东省支配。而吉安、袁州、临江三府的盐税，则部分解纳太仓，部分留作赣南军费开支。
所以从某种意义上来说，两淮盐销区上交太仓盐课数额的多少，在很大程度上决定了朝廷盐课收入水平的高低。两淮盐销区的利益就是朝廷的利益。所以，不管是朝廷、户部还是盐政衙门都竭力维护淮盐行销区的食盐运销。但朝廷保护淮盐行销的举措，难以避免地构成对入赣广盐的限制，从而客观上侵害了广东与赣南方面的既得利益。也就形成了朝廷和地方的矛盾。