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击沉美军的巴尔的摩号装甲巡洋舰后，西班牙舰队的士气并没有一般海战击沉对方主力战舰后的兴奋，因为击沉巴尔的摩号装甲巡洋舰的代价是高昂的，西班牙5门120毫米口径岸防炮被毁，1门240毫米大口径巨炮哑火，而西班牙舰队中的乌里亚号、卡斯蒂利亚号均已战沉，卡斯蒂利亚号更是原西班牙菲律宾舰队的旗舰，排水量3000多吨，乌里亚号也是一艘战力不俗的巡洋舰，这两艘巡洋舰一沉，带给的西班牙舰队的士气无疑是个巨大的打击。
好在美军中实力仅次于奥林匹亚号装甲巡洋舰的巴尔的摩号已经沉没在了菲律宾海底，指挥巴尔的摩号的舰队副司令更是与舰同沉，接下来的局面还是僵持阶段，不过30分钟后，一发西班牙240毫米克虏伯海防炮打出的为数不多的高爆弹击穿了奥林匹亚的司令塔，当时刚好在司令塔中指挥奥林匹亚号的舰队司令杜威当场被炸死，7名高级军官也被弹片击伤。
更加倒霉的是，这发240毫米炮弹还击毁了奥林匹亚号的信号索，意味着奥林匹亚号已经不能够行使旗舰的作用了。于是乎，瑞秋号巡洋舰升起了指挥旗，成为了代理旗舰。
不可否认的一点是，瑞秋号的指挥官的确勇气可嘉，刹那间，数百发西班牙舰炮打出的炮弹落在瑞秋号周围，虽然无一命中，不过溅起的水花也够上面的美国水兵喝一壶了。
而造成美国舰队暂时的不利局面的罪魁祸首——波士顿号巡航舰，则也最终逃不过惩罚——2发哥伦布号的152毫米炮弹击中了波士顿号的1根桅杆，随着弹片的四溅，波士顿号的风帆大部分都已经无法为这艘3240吨的老式战舰提供动力，也就意味着，波士顿号的结局，要么是被俘，要么就是被西班牙某艘战舰奖励一发鱼雷。
很显然，无论是哪个结局，这对于米国海军来说，都是一个巨大的侮辱，曾几何时，1812年，装备38门火炮的宪法号是所有独自航行在美国东海岸的英国船只的噩梦，现在，波士顿号却将会被已经江河日下的西班牙给俘虏，波士顿号上的指挥官霍金斯绝对不会接受这样的选择，哪怕他在这场战役中堪称西班牙舰队的MVP，但是作为一个米国海军军官，他是不会让自己的爱舰挂上西班牙的旗帜的。
“打开通海阀吧，这是我最后的命令。”坐在舰长室内，霍金斯仔细地擦拭着一把柯尔特左轮手枪，对着眼前的二副说到。
已经知晓了接下来大概会发生什么的二副没有多说什么，只是默默地行了一个军礼，走出了舰长室，在他的身后，传来了一声枪响。
波士顿号的自沉，让瑞秋号这艘防护巡洋舰承受的火力几何般上升，要不是瑞秋号命大，连续被命中多发10英寸炮弹都没有丧失动力抑或是被命中核心区，否则的话这艘船也要步巴尔的摩号的后尘了。最终，在重创了西班牙的古巴岛号装甲巡洋舰后，意识到再耗下去对于己方是完全不利的瑞秋号指挥官挂出旗语，美国舰队掉头返航，或者按照他们的说法，“转进”。离开了这个令美国海军伤心的地方。
而在另一边，西班牙海军则是欢呼雀跃，战前，他们从来没有想过日薄西山的西班牙海军能够赢得这场与新兴的、强大的美国海军的战斗，不过，他们真的实现了！
有一说一，西班牙这次能够赢得马尼拉湾海战，有很大的运气成分，比如波士顿号的航速减慢导致的美国舰队首尾脱节，以及西班牙岸基2座双联装533毫米鱼雷的命中巴尔的摩号，完全是走了大运，这也让后世许多美国海军迷们一直愤愤不平。
不过，输了就是输了，没有什么可以争辩的，这也是米国扩张史上，海军走向深蓝的一个重要挫折，但是他们能够知耻而后勇，进而锻炼出一支强大的海军，这就是后话了。